1、環境污染
農業污水(農藥、化肥等)、工業污水(重金屬、有機溶劑等)、生活污水、各種富營養化水體、空氣污染導致的酸雨等有毒有害物質進入養殖池塘，輕則浮頭，重則泛塘。
2、營養過剩
養殖戶追求高營養飼料，導致養殖動物無法充分吸收飼料營養，導致營養過剩，造成水質污染，蛋白能量比不平衡， 脂肪酸敗 過多的蛋白質轉化為脂肪儲存，易導致脂肪肝。脂肪酸敗導致肝細胞萎縮。
3、pH過高或過低對養殖動物的影響
pH值過高，會腐蝕鰓。過低，會削弱血紅蛋白的載氧能力，即使溶氧充足也會表現為浮頭。pH值還通過影響其它的環境因子而間接影響養殖動物的生長。

4、藻類毒素
養殖池塘中，微囊藻等藍藻類、裸（甲）藻，膝溝藻等對養殖危害極大的藻類，死亡后分解產生藻毒素，主要是神經毒素和肝毒素。
神經毒素使養殖動物神經麻痹，導致反應遲鈍、痙攣抽搐、呼吸系統麻痹，嚴重者死亡；肝毒素導致養殖動物肝中毒，引起肝胰臟腫大、萎縮、壞死，腸炎出血等病理癥狀。
5、微生物毒素
主要是病毒，細菌的內毒素、外毒素和真菌毒素。如黃曲霉素、嘔吐毒素等，這些因飼料發霉導致的毒素可以導致肝臟受損。
寄生蟲同樣可以產生毒素，同樣可以間接或直接損傷肝臟。

6、養殖過程中投入品的殘留
養殖過程中經常使用的消毒劑、殺蟲劑、抗菌藥、過量施用化肥等，這些投入品使用后，本身有毒性殘留或者本身無毒但與水體的其他物質反應產生新的有毒物質。
這些有毒物質，導致養殖動物肝胰臟功能受損，引起慢性中毒，抵抗力下降，繼發感染病毒細菌，甚至死亡。養殖過程中容易產生有毒有害物質的有：氯制劑、重金屬，有機磷、菊酯類殺蟲劑，抗生素、化學合成藥等。

7、有機物分解有毒物質
有機物分解過程中的有毒有害的中間產物和最終產物：如：氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫、組胺、吲哚等。

8、其它
在養殖過程中，還有各種各樣的未能檢測到對養殖動物危害較大的因素。